グループ法人税制 「法人による完全支配関係」はグループ全体ではなく各々の法人間ごとに判断します。

　「100%グループ内の寄附について支出側で全額損金不算入、受領側で全額益金不算入とする」制度の適用については、その法人間の寄附が、個人株主の相続税に影響を与えないことに留意しましょう。
　したがって、個人を頂点に100%保有の法人が“縦"に連なる関係(「個人→親法人→子法人」等の100%グループ)においては、法人間の寄附が個人株主の相続税に影響を与えないことから、グループ法人税制の寄附に関する規定の適用されます。

　寄附の適用の有無
→グループ全体で判断しない
→個人株主間の贈与と同様の状況　　→×　寄附修正不要
→寄附をした法人間をひとつのくくり→○　グループ法人税制制度の対象

　 個人

　↓ →　寄附修正不要

　Ｓ1（100％完全支配関係の法人）

　↓　→制度の対象

Ｓ2（100％完全支配関係の法人）

　国税庁

→平成22年度税制改正に係る法人税質疑応答事例（グループ法人税制関係）（情報）

　　http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/joho-zeikaishaku/hojin/100810/index.htm